面對重癥感染患者，能否快速確認感染性疾病原體，成為后續對癥治療的關鍵。傳統的微生物鑒定方法分為培養和非培養兩類，臨床公認的“金標準”是分離培養和生化鑒定，這種方法的操作周期長、失敗率高，并且不是每種病原體都可以培養。不依賴培養的方法比如涂片鏡檢、抗體抗原免疫等，在采樣當天即可報告結果。這些方法的時效性強，但在敏感性和特異性上存在較明顯的劣勢，而且傳統的微生物鑒定方法對于未知或者罕見的病原微生物，無法快速識別。
而mNGS不依賴于傳統的微生物培養，也無需特異性擴增，直接對臨床樣本中的核酸進行無差別、無選擇性的高通量測序，然后與已知的微生物序列數據庫進行比對分析，根據比對到的序列信息來判斷樣本包含的病原微生物種類，能夠快速、客觀地檢測臨床樣本中的病原微生物（包括病毒、細菌、真菌、寄生蟲）
目前已經有數十篇mNGS專家共識中提到，對于一些危重癥感染患者，建議留取合適的標本，進行mNGS檢測，更快更精準的幫助臨床找到感染性疾病原體，從而精準使用抗生素。